Naturschutz
Umstritten ist, ob Pilze in gleicher Weise geschützt werden müssen wie Pflanzen. Aber viele sind nicht unberechtigt der Meinung, dass fachgerechtes Sammeln die Pilze nicht nachhaltig dezimiert, da doch das Myzel erhalten bleibt.

Verwechslungsgefahr
Was die Verwechslungsgefahren angeht, so sollten nur solche Pilze gesammelt und verzehrt werden, die einwandfrei als essbare Art identifiziert wurden.

Umweltgifte
Die Belastungen mit radioaktiven Stoffen sind zum Glück zurückgegangen, aber nicht die mit Schwermetallen. Blei, Quecksilber, Thallium oder Cadmium gelangen aus Industrie und Haushalt in die Umwelt und werden von den Pilzen eingesammelt. Während der Bleigehalt in Pilzen von der Belastung in der Umwelt bestimmt wird (z. B. an Straßenrändern), ist der Cadmiumgehalt weitgehend vom Standort unabhängig. Er geht auf natürliche Ursachen zurück und steht nicht im Zusammenhang mit zunehmenden Umweltbelastungen. Pilze aus jahrhundertealten Sammlungen sind demnach genauso stark mit Cadmium belastet wie frisch gesammelte Exemplare.
Besonders Champignonarten, aber auch Maronenröhrlinge sammeln selektiv Cadmium. Das Schwermetall scheint aber nach neueren Untersuchungen hauptsächlich in der Fruchtschicht des Pilzes konzentriert zu werden. So kann man die Belastung niedrig halten, wenn man Lamellen oder Poren entfernt. Eine gesundheitsgefährdende Belastung wird aber bei normalem Pilzgenuss nie erreicht.

Der maßvolle Verzehr von Pilzen ist durchaus gesund. Einmaliges Aroma und verdauungsfördernde Wirkung sind lange bekannt. Dazu werden mehr und mehr Kenntnisse über medizinische Eigenschaften (krebshemmende Wirkung, Stärkung des Immunsystems) sowie Inhaltsstoffe (Spurenelemente, Vitamine) essbarer Pilze erworben. In seltenen Fällen wird der ungetrübte Pilzgenuss dadurch gestört, dass eine individuelle Unverträglichkeit gegen einen Speisepilz vorliegt, der von der überwiegenden Zahl der Menschen schadlos konsumiert werden kann.

Pilze bestehen zu 90 Prozent aus Wasser! Der Rest enthält v.a. Eiweiß, Kohlenhydrate, einen unbedeutenden Fettanteil und die Vitamine A, B und D. Aber wer jemals eine Pfanne gebratener Steinpilze oder Schnitzel vom Parasol-Pilz gekostet hat, ist der Pilz-Sucht so gut wie verfallen.

Übrigens zählt die moderne Wissenschaft die Pilze nicht mehr zu den Pflanzen. Die Pilze sind neben Tieren und Pflanzen eine gleichberechtigte Gruppe im systematischen Sinne. Der Unterschied zu den Pflanzen besteht darin, dass sie nicht in der Lage sind, aus Sonnenenergie Nährstoffe zu gewinnen. Dadurch können sie auch im Dunkeln gedeihen. Noch ein Grund für ihre Sonderstellung ist, dass ihre Zellwände aus Chitin bestehen, das sonst nur bei Gliedertieren und Insekten vorkommt.
Dieses Chitin ist andererseits dafür verantwortlich, dass einem eine Pilzmahlzeit unter Umständen schwer im Magen liegen kann.